Bei der Hydrotherapie oder dem Aquatraining bewegt sich der Hund auf einem im Wasser befindlichen Laufband. Diese Therapieform eignet sich besonders für Patienten, bei denen die Entlastung der Gelenke im Vordergrund steht. Dabei dient die Hydrotherapie in der Regel als unterstützende Therapieform zur manuellen Behandlung. Durch den Auftrieb im Wasser wird ein Großteil des Körpereigengewichtes genommen, sodass großraumige Bewegungen ohne Belastung der gelenkigen Strukturen möglich sind. Durch den Wasserwiderstand beim Laufen eignet sich das Aquatraining auch zum gelenkschonenden Muskelaufbau, zum Beispiel nach längeren Schonhaltungen oder bei degenerativen Erkrankungen. Durch den gleichmäßigen und großflächigen Druck des Wassers auf den Körper werden viele Nerven angesprochen, was für ein besseres Aktions- und Reaktionspotenzial des Organismus sorgt. Dadurch ist diese Therapieform auch bei Lähmungserscheinungen sehr hilfreich, die Tiere sind auf dem Aquatrainer oftmals in der Lage die Gliedmaßen in einer normalen Schrittführung zu bewegen.

Zusätzlich kann der Trainingseffekt durch die optionale Nutzung einer Gegenstromanlge oder das Einstellen einer Laufbandsteigung verstärkt werden.